1 – ALOHA : Steve Mc Garrett (Alex O’Loughlin), officier de la marina américaine aux Navy Seals, retourne dans son pays natal, Hawaï, pour retrouver Victor Hesse, un terroriste qui a assassiné son père, un officier à la retraite. Il se voit nommé par le Gouverneur Pat Jameson à la tête d’un groupe d’élite de la police.
2 – OHANA : Un homme, ancien expert de la NSA, est kidnappé au centre ville d’Honolulupar un gang serbe.
3 – MALAMA KA AINA : Suite à un règlement de comptes entre un gang et une triade, lors d’un match de football américain auquel ils assistaient, l’unité s’infiltre chez le nouveau patron du gang avec l’aide d’un infiltré qui a été arrêté, et qui n’est autre que le cousin de Chin et de Kono.
4 – LANAKILA : Un détenu s’évade de prison en faisant des victimes. L’équipe découvre ce qu’il cherche et neutralise le criminel avant qu’il ne tue ses otages dans la forêt, aprés avoir blessé son ancien complice.
5 – NALOWALE : Lorsque des touristes en promenade sous-marine découvrent un cadavre flottant dans la mer, l’équipe doit retrouver la seconde fille d’un ambassadeur en poste aux Philippines. Ils doivent aussi empêcher l’ambassadeur de céder aux menaces du groupe terroriste.
6 – KO’OLAULOA : Un surfeur, est assassiné sous les yeux de Kono lors d’une compétition. L’équipe s’emploie à retrouver le tireur, qu’elle soupçonne appartenir à une tribu de l’île. Avec l’aide du chef de la tribu, ils soupçonnent un proche de la victime. Kono se rapproche d’une connaissance et ami d’enfance et fait face à des tentatives de délogement d’un campement dans lequel il vit.
7 – HO’APONO : Aprés être rentré chez lui et découvert sa femme morte, un marine est poursuivi avec l’arme du crime à la main par la police. Il prend en otage un groupe de touristes dans un navire. McGarrett monte discrètement à bord, et avec l’aide d’un ancien marin qui est guide du navire, entre en contact avec le preneur d’otage. A terre, l’équipe enquête sur le crime et arrive à aider McGarrett dans sa négociation. Konoparvient à faire parler la fille du preneur d’otage, ce qui conduit à l’arrestation du père biologique.
8 – MANA’O : Le cadvre d’un officier de la police de Honolulu est découvert lors d’une soirée traditionnelle hawaïenne, grillé dans un four creusé dans la terre. Il apparaît que le policier carbonisé est l’ancien partenaire et ami de Danny, et qu’il semblait être un ripou, et qu’il était sous le coup d’une suspicion de corruption par les affaires internes. L’épouse demande à Danny d’intervenir pour prouver son innocence et retrouver le meurtrier.
9 – PO’IPU : Sur la terrasse du restaurant d’un hôtel, une femme séduit un homme, se fait inviter dans sa chambre et le tue. Quand Steve et Danny arrivent sur les lieux du crime, Tom Matthews, chef de la sécurité pour un sommet humanitaire, leur est présenté. Il révèle l’identité de la victime, qui est un diplomate au service du Général Pak, un dictateur invité. Les enquêteurs découvrent que beaucoup de personnes souhaitaient la mort du général.
10 – HEIHEI : Des gangsters attaquent un fourgon blindé en tuant les convoyeurs à l’exception d’un homme qui survit. Aprés avoir tué les convoyeurs, ils repartent sans l’argent.
11 – PALEKAIKO : Une jeunne femme, qui passait sa lune de miel à Honolulu, est retrouvée dans une forêt par deux chasseurs. Souffrant d’amnésie, elle ne peux pas expliquer ce qui lui est arrivé. Peu après, son mari est découvert mort dans une chambre d’hôtel. Le docteur Bergman relie ce cas à d’autres affaires, une série de meurtres l’année précédente, et de couples quelques jours plus tôt. L’équipe comprend qu’il s’agit d’un tueur en série qui frappe les jeunes mariés.
12 – HANA’A'A MAKEHEWA : En enquêtant sur le meurtre d’un trafiquant d’armes,Steve découvre que Victor Hesse, l’assassin de son père, est toujours vivant. Alors qu’il est à sa poursuite, Chin est capturé et se retrouve avec une bombe autour du cou, que Victor menace de faire exploser si on ne lui verse pas 20 millions.

13 – KE KINOHI : Un matin, Steve surprend des individus chez lui. Il est neutralisé et constate à son réveil que la boîte à outils de son père a été dérobée. Inquiet, car seuls ses coéquipiers et sa soeur savent ce que contient la boîte. Steve se rend chez sa soeur, et découvre qu’elle a été enlevée. L’unité se met au travail, et remonte jusqu’à un puissant homme d’affaires japonais, une connaissance du gouverneur.
14 – HE KANE HEWA ‘OLE : Une course poursuite se conclut par un accident et la mort du conducteur. Cet accident amène les policiers à une macabre découverte. Chin va devoir renouer le contact avec son ancienne fiancée.
15 – KAI E’E : Tandis que Danny prend des leçons de surf avec Kono, l’alerte au tsunami est déclenchée. L’île évacue vers le continent alors que l’équipe reste pour retrouver le Dr Russel, l’homme chargé d’évaluer les risques de la vague, qui a disparu. Steve se rend compte que l’alerte n’est qu’un canular. L’issue de l’enquête pourrait mener à la fin de l’équipe five-0.
16 – E MALAMA : Un US Marshall est tué denat un témoin qui prend la fuite. McGarrett et son équipe sont chargés de le retrouver, supprimer les tueurs et le ramener au tribunal. Pendant ce temps, l’ex femme de Danny est ictime d’un vol. Stan, le nouveau mari, pourrait être au centre de tout çà.
17 – POWA MAKA MOANA : Au milieu de l’océan, une petite fête entre jeunes est interrompue par des pirates cagoulés et armés. Le capitaine du yacht est tué et les étudiants kidnappés. McGarrett est chargé de les retrouver. Sur le bateau, il découvre une survivante.
18 – LOA ALOHA : Alors qu’un juge fête ses 60 ans avec sa fille en pleine forêt, il reçoit un appel menaçant. Plus tard, sa fille chute et est tuée sur le coup. McGarrett est son équipe sont chargés de l’affaire et se mettent à chercher dans les affaires du juge. Rapidement, un procureur connaît le même sort, le fils meurt suite à l’explosion de sa voiture.
19 – NE ME’E LAUA NA PAIO : Alex Baker, un homme déguisé en super héros, tombe du haut d’un hôtel. L’équipe enquête et se tourne rapidement vers l’ex mari de la petite mie de la victime. Un enquête plus approfondie révèle que la victime n’était pas la cible du meurtrier, qui s’est trompé, ce qui déterre une ancienne affaire de meurtre sur une jeune étudiante en 2008. Ils vont donc devoir résoudre deux affaires en même temps. Par ailleurs, Steve reçoit dans son bureau, une femme qui dit être de la CIA et voulant tout ce qu’il a sur l’enquête de son père. C’est en fait une ancienne analyste de la CIA qui a décidée d’enquêter sur WO FAT, le réel commanditaire du meurtre des parents de Steve, pour venger son fiancé. Steve va se retrouver face à son pire ennemi…
20 – MA KE KAHAKAI : McGarrett se casse le bras en chutant pendant une descente en rappel, lors d’une randonnée avec Danny. Il trouve un corps, celui d’un pêcheur tué par balle. Par ailleurs, Chin révèle à Kono les dessous de l’affaire de corruption dans laquelle il a été accusé, et pourquoi son oncle et lui sont impliqués, à l’occasion d’une visite à leur tante mal en point à cause de sa maladie, qui aurait un lien avec l’affaire…
21 – HO’OPA’I :L’épouse d’un agent du FBI sous couverture est assassinée. Son mari venu sur l’île pour continuer le travail avec le patron de l’organisation dans laquelle il est infiltré, se trouve sur la plage au début de l’assaut et est blessé. Il réussit à cacher son fils qu’il n’avait pas revu depuis longtemps.
22 – HO’OHULI NA’AU : Un photographe renommé est brûlé vif dans l’incendie criminel de sa caravane après une séance photos. Il avait prévu une nouvelle vie avec une des tops models qui est enceinte de lui. L’enquête se tourne d’abord vers la jalousie des autres tops… Entretemps, Chin est sollicité par les affaires internes pour témoigner contre son oncle, qui s’est incriminé dans le vol de l’argent pur lequel Chin s’est vu accusé de corruption. Mais çà lui pose un problème de conscience…23 – UA HIKI MAI KAPALENA PAU : Alors qu’il est en course poursuite, Danny tombe malade en touchant un cadavre empoisonné. L’équipe se met à la recherche du meurtrier. Dans le même temps, le HPD (Hawaï Police d’Etat) se rend compte que l’argent que Chin leur a donné n’est pas celui qui a été volé.
24 – OIA’IO : Chin est blanchi dans l’histoire de l’argent volé et le HPD lui propose de revenir en tant que lieutenant. Il refuse car se sent bien au Five-0. Au même moment, Laura Hills est victime de l’explosion de sa voiture. Tout le monde soupçonne Wo Fat est le meurtrier, jusqu’à ce que Steve soupçonne que les objets volés de son père se trouvent dans le bureau du gouverneur, suite à la perquisition du domicile de Laura Hills et à l’interrogatoire du gouverneur mené avec Danny sur l’explosion. Steve décide de confondre le gouverneur et obtenir des aveux sur le meurtre de son père, mais un mandat est déposé contre lui. Tout le HPD se met à sa recherche. Il réussit à atteindre le bureau du gourverneur, celui-ci est abattu par Wo Fat qui s’enfuit, après avoir tazé Steve. Steve se relève avec l’arme du crime dans la main, il est arrêté par Chin. Danny, qui avait décidé de retourner dans le New Jersey avec son ex femme et sa fille ne peut pas partir et arrive sur les lieux du crime. Danny demande de l’aide à Chin, qui lui répond que l’équipe n’existe plus. Pendant ce temps là, Kono est arrêtée pour avoir volé l’argent saisi par le HPD…
SUITE A LA SAISON 2, reconduite…. 
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